精明的用户越来越计较IT成本问题，Linux的低价的确打动了很多用户，Linux的发展势头也非常猛。但事情并不是那么简单。作为操作系统，Linux软件自身的成熟与完善程度，还不足以满足用户的需求。如何将Linux更有效地应用起来，是它现在面临的一大难题。
崔波(化名)是一家企业的老总，为了给员工提供邮件服务，他向系统集成商购买了一个整体的邮件解决方案，这个邮件服务器是架设在Linux系统上的。不懂技术的崔波并不关心用什么系统，作为老总，他只关心公司的邮件系统如何能低成本、高效率地运行。但他并没有如愿。在实际的运用过程中，因为员工对Linux 不熟悉，不能更好地维护邮件服务器，造成了诸多不便。无奈下只好把邮件服务器外包给系统集成商。结果崔波发现，自己公司的邮件服务器成本比其他公司都要高。
计世资讯在最新的报告中明确指出：Linux存在成本障碍，目前Linux的TCO(整体拥有成本)要高于Windows 系统。“Linux是开放源代码软件，但并非免费软件。虽然企业用户在购买Linux时支付的初始成本较少，但是因为操作系统成本仅占TCO的3.8%，用户未必能通过应用Linux，来降低企业的整体拥有成本。” 计世资讯资深分析师王书贵告诉记者。
另一个例子更能说明Linux为什么会带来成本的增加。某企业其内部服务器操作系统Linux 是在3年前应用的，技术总监打算把服务器升级到新的Linux内核上。但在执行的过程中，技术总监不仅要请来Linux厂商，还要请来其他相关软件厂商以及硬件厂来共同协调解决，结果时间、精力、金钱都远远超支了。
“主要有三大原因导致Linux成本过高：人员成本、学习成本和后续开发。” 王书贵分析：第一是Linux工程师普遍工资水平较高，而用户在Linux方面技能和经验还需提高，因此每年需要更多的外包服务费用。第二是目前中国用户在Linux系统方面技能和经验还非常有限，学习成本也大大增加。第三就是操作系统相关的内部开发成本很高，尤其在应用／数据库服务器方面。
“当然，也有企业使用Linux操作系统做到了节省成本。”王书贵谈到他的调查经历时说，有一家互联网企业，其IT系统架构基本全是Web服务器，而且这家企业自身Linux技术实力非常强，甚至比一些Linux厂商都要强大，他们的Linux基本上都是自己开发，做到了节省成本，因此给业界留下了非常酷的印象。但他同时强调，目前在中国拥有如此高技术的企业毕竟是极少数。
即使在成本上Linux需要更多的投入，也阻挡不了其市场份额增长的步伐。计世资讯数据表明，2005年中国Linux市场将以35.2%的速度高速增长，围绕着Linux的应用，是中国软件业的重要发展机遇。因此降低Linux使用成本的问题，是必须跨越的障碍。
王书贵对用户和Linux厂商给出了一些中肯建议：Linux厂商必须脚踏实地的从用户需求和应用出发，而不是仅仅停留在炒作概念上，而用户也不应该盲目跟风。用户应该加强硬件规划和采购管理，改变重硬件购买轻运营维护的现象。统一基础架构，在考虑成本因素的同时，考虑企业IT系统沿革和员工技能。
还有一点很重要，除了追求技术创新和产品的自身完善，Linux现在应该将更多的精力转移到合作伙伴上来，通过广泛的合作与产品技术整合，为自己制造快速发展的条件。