Linux拥戴者经常拿来抨击专有操作系统的一个论据就是开放性和低成本，这一点已为业界广泛接受，但嵌入式领域的情况毕竟与桌面或服务器领域大相径庭，硬件开发一直而且仍然在唱主角，嵌入式软件尤其是嵌入式Linux软件开发人才积累还不足，社群开发经验相对计算领域来说还不足，这多少使得Linux的开放性优势在这里还不能得到充分发挥。即便开发社群有很好的创意并添加了自己程序模块，但由于缺乏统一的环境和平台，因此多少带有随意性，组件的标准化仍是个问题，不利于大规模的推广。
而对于手持应用，虽然Linux相对于常被拿来作对比的其他几种非实时性专有操作系统如Symbian、Palm、Windows Mobile等，开放性(参与底层设计)、灵活性(模块化架构)更高、商业授权费低也得多，但后几种专有操作系统都有大腕撑腰，也大都打下了广泛的第三方和使用者基础，想要撼动它们的地位或打败它们绝非易事。况且这还只是在高端/智能手机市场的较量，众所周知，高端/智能手机市场占整个手机市场的份额还很小。
Linux想要全面渗透到手持设备特别是手机中，还要面临以下一些挑战：
首先，手机作为一种嵌入式应用系统，实时性要求非常强，就这一点天生并非为实时应用而开发的Linux目前仍然做得不太好，尽管业界正利用一些技术改进嵌入式Linux的实时性，如MontaVista直接修改Linux内核、增加实时性；或者在普通Linux内核之上增加实时模块、双内核结构，如RTLinux、RTAI等。
桌面和嵌入式Linux应用程序开发平台供应商奇趣科技CTO Benoit Schillings就坦言：“相对于其它已获得广泛应用的嵌入式实时操作系统如OSE、Nucleus来说，虽然Linux拥有强大而丰富的开发环境，但发展还不是很成熟，组件Size仍然过大，对处理器的要求也较高。”
所以我们可以看到，目前Linux手机往往采用两个处理器：一个运行Linux，另一个则运行基带等实时功能。在存储器空间和处理器资源受限的手机中特别是中低端功能手机，软件规模大、处理器性能要求高无疑成为重大障碍，正如开放源代码开发实验室(OSDL)专家Bill Weinberg曾经说过的，能够支持基带处理器的软件将有助于Linux进入手机主流操作系统市场。另外，从节省功耗和延长电池使用寿命来看也同样“忌讳”处理器的高频、高负荷运行。
其次，在推动移动应用方面，Linux阵营内部也存在一些矛盾，如针对各种组件制定统一标准的问题。目前Linux阵营正就如何更好地推进自身在移动通信领域的应用进行各种努力，如“Linux手机论坛”、OSDL的“移动Linux计划”(MLI)等。但“不像桌面Linux系统只有KDE、GNOME两种操作环境，移动领域情况复杂得多，太多的人想统一移动应用的Linux，但越多人参与，就越难实现统一。不少公司都参与了嵌入式Linux基础框架的搭建，有的还是竞争对手，所以各自的定义有所不同，这对制定统一标准造成很大麻烦。”奇趣科技的Schillings感叹到。
软件对集成越来越多功能、更新速度越来越快的手持设备显得越来越重要，这为开放、灵活且不会带来设计约束的嵌入式Linux带来了很大契机，但分析目前嵌入式Linux操作系统及其应用开发平台所具有的优劣势来看，对于广泛普及，劣势仍占上风，有待Linux阵营的进一步努力。