作为行业领导者的中科红旗，增长率达到40%左右，几乎是整个市场增长率的2倍。2006年是中科红旗取得“突破性进展”的一年。一方面，中科红旗在依靠产品技术实力和遍布全国的渠道，稳稳的把握住了国内在金融、银行、邮政等几大方面的客户应用，巩固了在产品、销售和服务方面的优势，使中科红旗在行业内成为名副其实的旗舰式企业。
另一方面，中科红旗经过不断的积累和进取，通过一系列成功的合纵连横战略，在亚洲乃至全球范围内，加强了与国际IT厂商联盟合作关系，迈入了国际IT产业环境的第一阶梯，得到了业界的最强的支持和认可。2006年，红旗一跃成为全球第三大Linux厂商。
2006年8月，在Linux World China 2006大会上，IT巨擎IBM宣布：IBM旗下软硬件主流产品线对红旗主导的Asianux Linux正式提供全面认证支持。中科红旗也因此成为全球第三个获得了IBM全面认证支持的Linux厂商。至此，中科红旗已经获得了包括ORACLE、 BEA、IBM、HP、SYMENTEC、NEC等所有一线国际IT厂商的认证。作为生产高端服务器操作系统的软件公司，中科红旗是亚洲第一家也是唯一一家得到全球产业环境支持的Linux企业。
作为服务器操作系统软件厂商，必须获得整个产业环境的认证和技术支持，才能为客户提供全面而无忧的解决方案。中科红旗能获得这些国际IT厂商的认证，绝不仅仅只是意味着成为一家提供高质量产品的Linux软件公司，还体现出了中科红旗已然成功走向国际软件市场的雄厚实力。
2006年9月，中科红旗与甲骨文携手宣布——双方将共建数据库迁移中心，帮助不满足于微软平台和数据库的用户，在企业成长过程中改善数据中心的性能和扩展性。继而，红旗软件开始在红旗数据中心服务器系统上捆绑销售Oracle的数据库产品，并提供双方联合的技术支持。同期，NEC和中科红旗共同宣布：NEC容错服务器产品将直接与红旗Linux捆绑销售，为客户提供顶级的高可用系统解决方案。
同样是9月，全球最大的两家PC厂商DELL和HP几乎同时宣布，在中国市场销售的全线产品中，包括笔记本和台式机，都开始预装红旗Linux桌面版产品，且初步总体装机量即达到400万台。
2006年10月，中科红旗与劳动和社会保障部进行合作，红旗Linux被纳入全国计算机信息高新技术考试和培训中，并在全国普及推广。同期，中科红旗还成为教育部规划的在首批40所高校中“国家Linux技术培训与推广中心”的项目的唯一支持厂商。中科红旗在LINUX培训领域获得的成绩，使之创造了较好的生态环境，为中国Linux软件今后的成长，造就了希望的沃土。
2006年，中科红旗在金融领域获得了广泛认可并取得巨大的成功，相继在中国人民银行、中国建设银行、农信联等重要金融企业的软件应用项目中中标。红旗Linux产品在金融行业中表现出的稳定和安全，是用户长期以来所追求的。
电信企业对业务系统的要求一直是最严格的，包括稳定性、安全性和性能的扩展。红旗Linux数据中心服务器是全球对电信级Linux标准(CGL2.0)支持最好的产品，因而得到和用户的广泛认可。2006年中国网通的全国域名服务器系统改造项目，就是基于红旗Linux服务器搭建，在此项目中，中科红旗依靠核心技术优势，帮助用户优化其服务器的性能达133%。
2006年，中科红旗在与包括北京华侨饭店、海南香港城酒店、上海新粤洲酒店等星级大酒店的“数字客房”工程中，成功签约酒店数字客房数量超过2万间，中科红旗的酒店PC数字客房系统，得以成功实施应用。中科红旗成为全球第一家提供酒店PC定制操作系统软件的公司。酒店PC中的数字客房项目，不仅将为中国酒店的数字化奠定一个坚实的基础，还将在以“科技奥运”为口号和实施的北京2008奥运会中，为来自世界各国的体育健儿和观光旅客们进行服务。
国内Linux软件市场中的大型采购减少，各省市相应的分别采购增多。中科红旗经过多年的开拓和积累，在全国各区域的渠道中占据了稳固的优势，2006年采购方式的变化，也使得中科红旗的综合实力得以彰显。
回首纵览2006，虽然国外Linux厂商愈发重视开发中国这片广阔的市场，但以中科红旗为代表的中国Linux企业，在这激烈的竞争环境中，不仅能在国内市场稳据龙头，还能在亚洲范围乃至世界范围内赢得众多国际IT厂商的支持与合作，可谓是中国软件行业的表率。