WuFTD从1994年就开始就不断地出现安全漏洞，黑客很容易就可以获得远程root访问（Remote Root Access）的权限，而且很多安全漏洞甚至不需要在FTP服务器上有一个有效的帐号。最近，WuFTP也是频频出现安全漏洞。
它的最好的替代程序是ProFTPD。ProFTPD很容易配置，在多数情况下速度也比较快，而且它的源代码也比较干净（缓冲溢出的错误比较少）。有许多重要的站点使用ProFTPD。sourceforge.net就是一个很好的例子（这个站点共有3,000个开放源代码的项目，其负荷并不小啊！）。一些Linux的发行商在它们的主FTP站点上使用的也是ProFTPD，只有两个主要Linux的发行商（SuSE和Caldera）使用WuFTPD。
ProFTPD的另一个优点就是既可以从inetd运行又可以作为单独的daemon运行。这样就可以很容易解决inetd带来的一些问题，如：拒绝服务的攻击（denial of service attack），等等。系统越简单，就越容易保证系统的安全。
WuFTPD要么重新审核一遍全部的源代码（非常困难），要么完全重写一遍代码，否则WuFTPD必然要被ProFTPD代替。
Telnet
Telnet是非常非常不安全的，它用明文来传送密码。它的安全的替代程序是OpenSSH。OpenSSH在Linux上已经非常成熟和稳定了，而且在Windows平台上也有很多免费的客户端软件。Linux的发行商应该采用OpenBSD的策略：安装OpenSSH并把它设置为默认的，安装Telnet但是不把它设置成默认的。
对于不在美国的Linux发行商，很容易就可以在Linux的发行版中加上OpenSSH。美国的Linux发行商就要想一些别的办法了（例如：Red Hat在德国的FTP服务器上（ftp.redhat.de）就有最新的OpenSSH的rpm软件包）。
Telnet是无可救药的程序。要保证系统的安全必须用OpenSSH这样的软件来替代它。
Sendmail
最近这些年，Sendmail的安全性已经提高很多了（以前它通常是黑客重点攻击的程序）。然而，Sendmail还是有一个很严重的问题。一旦出现了安全漏洞（例如：最近出现的Linux内核错误），Sendmail就是被黑客重点攻击的程序，因为Sendmail是以root权限运行而且代码很庞大容易出问题。
几乎所有的Linux发行商都把Sendmail作为默认的配置，只有少数几个把Postfix或Qmail作为可选的软件包。但是，很少有Linux的发行商在自己的邮件服务器上使用Sendmail。SuSE和Red Hat都使用基于Qmail的系统。
Sendmail并不一定会被别的程序完全替代。但是它的两个替代程序Qmail和Postfix都比它安全、速度快，而且特别是Postfix比它容易配置和维护。
su
su是用来改变当前用户的ID，转换成别的用户。你可以以普通用户登录，当需要以root身份做一些事的时候，只要执行“su”命令，然后输入root的密码。su本身是没有问题的，但是它会让人养成不好的习惯。如果一个系统有多个管理员，必须都给他们root的口令。
su的一个替代程序是sudo。Red Hat 6.2中包含这个软件。sudo允许你设置哪个用户哪个组可以以root身份执行哪些程序。你还可以根据用户登录的位置对他们加以限制（如果有人“破”了一个用户的口令，并用这个帐号从远程计算机登录，你可以限制他使用sudo）。Debian也有一个类似的程序叫super，与sudo比较各有优缺点。
让用户养成良好的习惯。使用root帐号并让多个人知道root的密码并不是一个好的习惯。这就是www.apache.org被入侵的原因，因为它有多个系统管理员他们都有root的特权。一个乱成一团的系统是很容易被入侵的。
named
大部分Linux的发行商都解决了这个问题。named以前是以root运行的，因此当named出现新的漏洞的时候，很容易就可以入侵一些很重要的计算机并获得root权限。现在只要用命令行的一些参数就能让named以非root的用户运行。而且，现在绝大多数Linux的发行商都让named以普通用户的权限运行。
INN
在INN的文档中已经明确地指出：“禁止这项功能（verifycancels），这项功能是没有用的而且将被除掉”。大约在一个月前，一个黑客发布了当“verifycancels”生效的时候入侵INN的方法。Red Hat是把“verifycancels”设为有效的。任何setuid/setgid的程序或网络服务程序都要正确地安装并且进行检查以保证尽量没有安全漏洞。