多重启动软件很多，如System Commander、PQ Boot Magic，都很出色，界面美观，功能强大，但他们都要求安装时改写硬盘主引导记录，这就出现了问题，一些杀毒软件会将他们改写的MBR误认为是病毒而报警，而日后MBR真的感染病毒，依然要报警，这时用户如何判断呢？这对用户造成了不便。NT启动管理器和Linux中的LILO与前两者不同，特点是简捷、快速，而且可将自身置于个自操作系统所在的分区中而不改写MBR，于是闭免了上述问题。下面笔者介绍自己的硬盘分区方案及使用LILO及NT启动管理器的经验。
笔者的8.4GB硬盘分成了三个主分区和一个扩展分区(含多个逻辑驱动器)，完全独立地安装了三个不同的操作系统：Windows 98、NT、Linux。第一个主分区采用FAT32文件系统，安装Windows 98 SE；第二个主分区采用NTFS文件系统，安装Windows NT Workstation 4.0；第三个主分区采用EXT2文件系统，是Linux根区，安装Red Hat Linux 6.0。如果活动分区为第二主分区，则可用NT启动管理器实现多重引导，如果活动分区为第三主分区，则可用LILO实现多重引导。各个操作系统间完全隔离，互不影响，如果某个系统损坏，需要重装，也不会影响其它系统正常运行，这是其它某些多重启动方案做不到的。第一步：分区并安装三个操作系统，设置LILO多重引导功能。
先用Windows 98 SE启动软盘启动，用FDISK命令在新硬盘上分出第一个大小为2GB的FAT32主分区，不要再分其它分区，然后格式化并安装Windows 98 SE。
接下来安装Windows NT。在未分区的空间上创建一个2.5GB的主分区，用NTFS格式化，在此分区上安装NT。
下面安装Red Hat Linux 6.0。注意进行到选择安装的计算机类型时，屏幕显示："" What type of machine are you installing? "",会有三种选择：
1.Workstation2.Server3.Custom
这时要选择Custom方式，如果你选择了1或2的方式，安装程序会自动对硬盘分区，这样就不能自己控制Linux分区的大小，而且可能会破坏已存在的分区。Linux的FDISK命令十分灵活，可用它分出第三个大小为1.5GB的主分区(Linux Native区)做为根区，剩余空间全部分为扩展分区，然后再于扩展分区中创建一个127MB以内的Linux Swap分区做为交换区就可以了，别忘了将Linux所在分区设为活动，以便稍后用LILO多重引导。
在安装LILO时，出现Lilo Installation对话框，问你把LILO安装在何处，有两种选择：
1. /dev/hda ---- Master Boot Record2. /dev/hda3 ---- First sector of boot partition
不要选择1将LILO装在MBR(主引导区)中，而要选择2将其装在Linux引导分区(即第三主分区)的第一个扇区中。如果选择了1，那么以后就只能先用LILO引导操作系统，即使改变活动分区为NT的分区，也不能首先加载NT启动管理器。另外MBR是""兵家必争之地""，很多软件如Windows 98/NT，System Commander等都会改写其中的信息。如将LILO放在MBR中，而日后又要重装Windows 98/NT，LILO就会被Windows 98/NT用各自的主引导信息覆盖，这样，Linux就无法启动了。将LILO装在Linux引导分区的首扇区中，LILO就不容易被别的软件破坏。
配置LILO多重启动功能时，弹出Bootable Partitions对话框，显示可引导的分区：
Device Partition type Default Boot label
/dev/hda1 Win95 FAT32 win98
/dev/hda2 OS/2 HPFS nt
/dev/hda3 Linux native * linux
Device栏中列出了可引导的三个主分区；Partition type栏列出分区类型，基中设备/dev/hda2实际上是Windows NT分区，并不是OS/2分区；Default栏中用""*""号标出默认的启动分区；Boot label栏中内容就是LILO加载后要求我们输入的操作系统名称。我们可按自己喜好指定默认的启动分区并编辑Boot label内容，完成LILO的安装。这样，Linux安装完成，我们便可用LILO实现三个系统的多重引导了。
扩展分区中剩余未分区磁盘空间可任意分成几个FAT16逻辑驱动器，以便各系统间数据共享。可以在NT中用磁盘编辑器完成剩余的分区及格式化工作。
手工设置NT启动管理器的多重启动功能。
我们先提取出第一主分区Windows 98和第三主分区Linux的分区引导记录，保存为BOOTSECT.W98和BOOTSECT.LIN。
笔者用诺顿工具中的DISKEDIT程序，方法如下：
启动到WIN98的DOS环境，运行DISKEDIT，在菜单中选择Object --> Partition Table，这时显示硬盘的MBR，如果是16进制显示，请切换到分区表表格显示，你会看到四个分区项的内容，最左边SYSTEM字段内容如下：
FAT32 ---第一主分区，Windows 98
HPFS ---第二主分区，实际上是NTFS即NT
？---第三主分区，Linux(DISKEDIT不认识的分区类型，显示""？"")
EXTEND ---扩展分区
将光标移到""FAT32""这一分区项，按回车，跳至该分区引导记录。在菜单中选择Tools-->Write Object To，再选""to a file""，选择一个FAT16分区，保存文件为BOOTSECT.W98(1536Bytes)。
将光标移到""？""即Linux这一分区项，同样方法，保存分区引导记录为BOOTSECT.LIN(512Bytes)。这样提取分区引导记录的工作完成了。
重启动到NT，用资源管理器，把两个分区引导记录文件复制到NT的主分区根目录下，在BOOT.INI文件中[operating systems]部分加入：
c:ootsect.w98=""Windows 98 Second Edition""
c:ootsect.lin=""Red Hat Linux""
关闭NT重启动，把活动分区改为NT的主分区，优先使用NT启动管理器。建议用WIN98或Linux的FDISK命令修改活动分区，而不用NT的磁盘编辑器，它可能会破坏LILO。
至此全部工作完成，你可以在NT的OS LOADER多重启动菜单中任意选择启动NT、Win98和Linux了。
笔者的多重启动方案，特点是各个操作系统都采用最佳的磁盘文件系统FAT32、NTFS、EXT2，同时FAT16分区又可使它们方便地共享数据，且不会因为某个操作系统损坏重装而导致其它操作系统被破坏。例如，若NT坏了，只要用一张Win98启动盘启动计算机，用fdisk更改活动分区为第三主分区，你就仍可以用LILO控制Win98、Linux的启动。这个方案，同样适用于WindowsME/2000/Linux共存。